α) Η φύλαξη, συντήρηση, καταγραφή, τεκμηρίωση, έρευνα, μελέτη, δημοσίευση και κυρίως η έκθεση και προβολή στο κοινό των φυλασσόμενων σε αυτό Πολιτιστικών Αγαθών.
β) Ο εμπλουτισμός των Συλλογών του με την αποδοχή δωρεών εκ μέρους φυσικών προσώπων, φορέων ή ιδρυμάτων, με προϊόντα κατασχέσεων, με αγορές από την Ελλάδα και το εξωτερικό και με πολιτιστικά αγαθά από όλη την Επικράτεια, σε συνεργασία με τις αρμόδιες Υπηρεσίες, Κεντρικές και Περιφερειακές της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς, καθώς και με κάθε άλλο νόμιμο τρόπο.
γ) Η συμμετοχή σε διεθνή και ευρωπαϊκά προγράμματα, η διοργάνωση και η συμμετοχή σε ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια. Επιπροσθέτως, ο σχεδιασμός, η οργάνωση και η παρουσίαση εκπαιδευτικών προγραμμάτων, εκδηλώσεων ανάδειξης του πολιτιστικού αποθέματος, η προβολή των επικοινωνιακών δράσεων, καθώς και η παραγωγή συμβατικών και ψηφιακών εκδόσεων και εκπαιδευτικού υλικού.

δ) Η πρακτική άσκηση φοιτητών/σπουδαστών ΑΕΙ/ΤΕΙ στους χώρους αρμοδιότητας του, εφόσον δεν προκύπτει δαπάνη που θα βαρύνει το ΥΠ.ΠΟ.Α.
ε) Η διευκόλυνση των μελετητών – ερευνητών.
στ) Η προώθηση θεμάτων αρμοδιότητάς του στο αντίστοιχο γνωμοδοτικό συμβούλιο του ΥΠ.ΠΟ.Α.
ζ) Για την υλοποίηση των δράσεων του εγκεκριμένου Επιχειρησιακού Σχεδίου, το Μουσείο δύναται να συνάπτει και προγραμματικές συμβάσεις ή μνημόνια συνεργασίας με φορείς του Δημοσίου, της Περιφερειακής Διοίκησης, της Τοπικής Αυτοδιοίκησης, αλλά και του ευρύτερου Δημοσίου Τομέα με βάση τα οριζόμενα στην κείμενη νομοθεσία. Επιπλέον, για τον ίδιο σκοπό, δύναται να διαχειριστεί χορηγίες ή δωρεές, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.